Lee dilahirkan di Jeonju, Jeolla Utara pada 1969.[1] Tempat kelahirannya disalahfahamkan sebagai Nonsan,[2][3] namun dinafikannya.[4] Dibesarkan dalam keluarga miskin, pernah berkongsi 1 bilik dengan 4 adik-beradik.[5] Beliau kehilangan ayahnya ketika berusia 11 tahun.[5] Pada suatu hari, ibunya, yang mencari rezeki sebagai penjual sarung kaki, tergelincir di atas ais dan menjalani osteonecrosis pinggul.[5] Lee, yang sering menangis untuk ini, menggambarkan keresahan ibunya di dalam diarinya.[5] Kisah ini diajukan oleh guru sekolah rendahnya ke akhbar tempatan iaitu North Jeolla Daily.[5] Kemudian, beliau menghadiri Sekolah Menengah Perempuan Sungsim Jeonju dan memperoleh ijazah sarjana muda dalam bidang ekonomi di Universiti Kebangsaan Seoul[1][4] pada 1996.[2]